Farnosť bola podľa dostupných údajov založená v roku 1279.
Až do začiatku 19. storočia stál v obci Vajnory gotický kostol zo 14. storočia. Po prestavbách do veľkej miery stratil stredoveký ráz a starší pôvod stavby dokazuje iba veža s murovanou helmicou.
Kostolík postavili niekedy v 14. storočí (staršie pramene uvádzajú roky 1270 – 79) ako jednoloďovú stavbu s predstavanou západnou vežou a polygonálnym presbytériom. Pôvodne bol zasvätený Panne Márii a toto patrocínium sa kostolíku prinavrátilo v roku 1968. Medzitým bol zasvätený sv. Ladislavovi.
V 18. storočí kostol barokovo upravovali a prestavovali. K južnej strane objektu pristavali sakristiu, pod svätyňou vyhĺbili kryptu, ktorú však zaplavovala spodná voda a tak nebola používaná. Kostol bol predĺžený aj západným smerom až po úroveň veže, ktorá sa tak ocitla vtiahnutá do pôdorysu lode. Loď i svätyňa boli novo zaklenuté, pričom statika severnej steny gotickej lode bola zabezpečená opornými piliermi. Fasády stavby boli zbarokizované.
Začiatkom 19. storočia kostolík už nestačil kapacitne potrebám veriacich, keďže Vajnory v tej dobe mali cca 1200 obyvateľov. Preto sa pristúpilo k rozšíreniu kostola.
Gotické presbytérium a baroková sakristia boli zbúrané a loď bola predĺžená východným smerom na cca dvojnásobok. Uzatvorili ju novým polygonálnym presbytériom. K nemu z južnej strany pristavali novú sakristiu. Predĺžená loď bola sprístupnená novým vstupom na južnej strane krytým murovanou predsieňou.
Históriu kostola objasnil až archeologický výskum realizovaný v interiéri v súvislosti s inštaláciou podlahového kúrenia v roku 2007. Pred ním sa predpokladalo, že stavba môže mať až románsky pôvod v 13. storočí. Táto hypotéza sa však nepotvrdila.
Archeológovia odkryli vo východnej časti lode základy pôvodnej svätyne datované do spomínaného 14. storočia. Objavili aj kryptu, pri stavbe ktorej použili aj časti rebrovej gotickej klenby.
Tieto objavy sú dnes prezentované. Pôdorys gotickej svätyne je vyznačený dlaždicami odlišnej farby (sčasti zakrytý lavicami) a priestor barokovej krypty je viditeľný cez dva zasklené priehľady. Na stredoveký pôvod časti stavby odkazuje aj dnes zamurovaný otvor po pôvodnom južnom vstupe.
Z pôvodného vybavenia stredovekého kostolíka sa zachovala plastika tzv. Vajnorskej Madony, vyrezanej z dubového dreva. Pochádza zo začiatku 14. storočia a našli ju na povale kostola v roku 1941. V súčasnosti sa nachádza v zbierkach Mestského múzea v Bratislave a jej kópia na Miestnom úrade Mestskej časti BA – Vajnory.
V kanonických vizitáciách sa spomína aj gotická krstiteľnica, ktorá sa však nezachovala. Za pozornosť stojí aj opevnenie kostola, ktorého súčasťou je na severnej strane bašta kruhového tvaru.
